Aufwendungen für Akupunktur werden für gewöhnlich entsprechend dem Gebührenverzeichnisses für Heilpraktiker abgerechnet. Während die meisten privaten Krankenversicherer die Kosten für die Nadelstiche (und andere alternative Heilmethoden) erstatten, war Akupunktur bislang keine Standardleistung der gesetzlichen Krankenversicherung. Etliche Krankenkassen erstatteten diese Therapien jedoch innerhalb befristeter Modellvorhaben. Am 18. April 2006 hat der Gemeinsame Bundesausschuss beschlossen, dass die Akupunktur im Falle von chronischen Rücken- und Knieschmerzen im Rahmen einer Schmerztherapie in den Leistungskatalog der gesetzlichen Krankenkassen aufgenommen wird. Die Behandlung von Kopfschmerzen durch Akupunktur bleibt hingegen eine Privatleistung, da kein Vorteil gegenüber der Standardtherapie festgestellt worden ist. Ärzte, die Akupunktur bei den Krankenkassen abrechnen wollen, müssen ein so genanntes Akupunkturdiplom besitzen und zwei jeweils 80-stündige Ausbildungen zu den Themen Psychosomatik und Schmerztherapie absolvieren.